嵊泗县属北亚热带东亚季风气候盛行区，四季分明，冬无严寒，夏无酷暑，光照充足，温差较小。降水量属我省偏少地区，降水的年际变化和季节变化较大，易旱易涝。灾害性天气四季皆有几率发生，夏季台风侵扰，冬季有冷空气大风，春季海雾和连阴雨，春、夏、秋三季常有雷暴天气，即使在冬季偶尔也会发生。
1、气温
嵊泗平均气温16.7℃之间，年际变化的差异较小。历年最高气温为37.4℃（2013年），历年最低气温为-7.0℃（1967年）。
2、日照
嵊泗光能资源丰富，平均日照时数达1966.2小时，夏季各月日照时数较多，冬季较少。
3、降水 
年平均降水量为1147.3mm。历年平均降水日（即≥0.1毫米），日数为128.3天。
4、蒸发
嵊泗年平均蒸发量为1333.8毫米,属半湿润气候区。
5、风
我县为典型的季风气候。冬季盛行偏北风，夏季盛行偏南风，春秋两季均为过渡期。历年平均风速6.5m/s。境内极大风速达54.2米/秒（为16级）（1986年）。
6、灾害性天气 
影响嵊泗的主要灾害性天气系统有热带气旋（台风）、强冷空气、低气压、强雷暴、急行冷锋、晴天暴、龙卷风等，因这些天气系统影响所造成的海上大风、风暴潮以及海雾等恶劣天气，给航运船只及码头设施安全造成极大威胁。尤其是近海台风、入海低气压、晴天暴等，因其具有发展迅猛、强度大、移速快等特点，并伴随激烈的天气现象，常使人防不胜防，经常造成严重的海洋气象灾害。另外，还有海上大雾、干旱及洪涝。
（1）热带气旋（台风） 1961～2020年，影响我县的台风共209次，主要集中在7、8、9月，平均每年出现3.0次。台风的破坏力，主要由伴随的狂风、暴雨和风暴潮等造成。台风影响嵊泗时若遇到天文大潮汛，在风、雨、潮三碰头的情况下，嵊泗近海浪高可达10米以上，将会产生严重的气象灾害。
（2）海上大风 造成嵊泗海上大风的天气系统主要有冷空气、低气压、入海高压、台风和雷暴等。风向以偏北大风最多，约占总数66%，其中台风和雷暴造成大风的比例不到10%。随着全球气候变暖，嵊泗大风日数自1993年起有明显减少趋势。
（3）雷雨大风（飑线） 本地区全年均有雷暴发生，强雷暴天气主要出现在5～6月。强雷暴系统影响时常伴有落地雷击、9～10级偏北大风和短时暴雨，雨量可达暴雨，出现飓风或龙卷风时风力可达11～12级，给社会经济和人民生命财产造成严重损失。我县年平均雷暴日数：16.5天。
（4）海上大雾 海雾是造成海损事故的主要原因之一，据统计，有70%以上的海损事故是由海上能见度低（海雾）造成的。嵊泗海域海雾的特点是：海雾出现频繁，一年四季都有，且具有明显的季节变化，主要集中在春季和夏初（即3～6月份）。
（5）干旱 嵊泗是干旱灾害频发地区，平均1—2年发生一次干旱,造成干旱的主要因素是海岛的气候、地理和人类活动。灾害持续时间长、雨量少、又遇高温，则灾害严重。
（6）洪涝 嵊泗洪涝灾害主要由梅暴雨和台风暴雨引发，其次是强对流暴雨和东风波暴雨，由于境内岛屿分散，多以“一山一岙”特殊地形条件，洪水入海速度快，多数洪涝灾害以间歇性和局部性为主，一般成灾时间较短。